La Parrocchia di San Barnaba apostolo di Perugia ha assunto l’attuale titolo il primo maggio del 1970, ma la sua storia parte da più lontano, dal 1939 quando il decreto arcivescovile n. 137/39 del 29 aprile 1939 trasferì il titolo dell’antica Parrocchia di Santa Maria del Verzaro in Perugia, situata nel centro della città, nel sobborgo di Fontivegge, “nel territorio della parrocchia di Sant’Andrea in Porta Susanna di via della Sposa” e la nuova denominazione fu Parrocchia di Santa Maria del Verzaro in Fontivegge.
La chiesa era allora una piccola cappella adiacente all’edificio delle Suore, che avevano un collegio, poi nel 1949 si trasferì in un salone, frutto di un primo tentativo, poi non portato a termine, di costruzione della nuova chiesa.
Nel 1970 la Parrocchia di Santa Maria del Verzaro in Fontivegge venne soppressa e il suo territorio fu suddiviso tra la Parrocchia di Santa Maria in Case Bruciate e la Parrocchia di San Barnaba apostolo in Perugia.

La nuova chiesa di San Barnaba è costruita su quel che restava del terreno di proprietà parrocchiale. La prima pietra deposta nel 1949 fu “riesumata” il 3 dicembre 1992 durante gli scavi per la costruzione del nuovo edificio.
Il progetto della nuova chiesa è opera degli ingegneri Luciano Vagni e Luigi Fioroni con la consulenza dell’architetto Luigi Pellegrin.
L’architetto Italo Canonico, invece, ha delineato le soluzioni interne liturgico-artistiche eseguite dallo scultore Giovanni Dragoni e dal parroco di allora don Nello Palloni, considerato da molti l’erede perugino del futurismo, morto a 73 anni, il 3 aprile del 2008, e discepolo d’arte dei maestri Guerriero Giappesi, anch’esso sacerdote e raffinato pittore formatosi all’Accademia di Belle Arti di Perugia, Gerardo Dottori, maestro indiscusso dell’aeropittura e Alessandro Bruschetti, a sua volta allievo di Dottori.
Il 7 giugno 1998 l’arcivescovo di Perugia, monsignor Giuseppe Chiaretti, l’ha consacrata.

La chiesa è situata nel quartiere di via Cortonese, in un’area già destinata all’edificazione del centro liturgico dal progetto del 1931 dell’arch. Gina Baldracchini, di cui nel 1949 venne realizzato un salone utilizzato ai fini ecclesiastici fino all’edificazione della recente chiesa nel 1998. La sua lunga storia nasce in corrispondenza dello sviluppo demografico dell’area, subito a sud della stazione di Perugia, quartiere caratterizzato da abitazioni residenziali intensive di palazzine. Il lotto della parrocchia è a lato della strada cortonese, tracciato etrusco che da Perugia giungeva alla città toscana. Rispetto ad essa si trova sul lato nord, in un terreno che si rialza parzialmente, con a valle una pompa di benzina che nasce sul terreno concesso dalla parrocchia per ricavare i fondi necessari per la sua costruzione. Dietro una piccola pertinenza verde scherma completamente l’area dal tracciato ferroviario, accanto sono presenti volumi legati alla parrocchia, un parcheggio, un teatro costruito tra il 2000 e il 2002 e le sale parrocchiali recentemente ristrutturate ed ampliate. Un’ampia rampa segna con forza l’ingresso contenendo il terreno e formando una sorta di ponte. Il volume liturgico è orientato trasversalmente rispetto alla strada, condizione che ne garantisce una buona percezione quando si proviene dalla città, nonostante un filare di alberi ne schermi la visione e le basse dimensioni non ne esaltano la riconoscibilità, garantita invece dall’ingresso concavo e dalla vetrata posta sotto la copertura.